PhD-forsvar af Marcelo Bertalan Quintanilha dos Santos

Bedømmelsesudvalg: Lektor Susanne Brix Pedersen (formand), DTU, Bioinformatiker Peder Worning, Hvidovre Hopital, Forsker Alan Walker, Wellcome Trust Sanger Institute, England

Ordstyrer: Lektor Ramneek Gupta, DTU
Vejleder: Professor Thomas Sicheritz-Pontén, DTU

At forstå betydningen af den mikrobielle flora i menneskets tarmsystem i sammenhæng med vores sundhed er en af de største videnskabelige udfordringer i vores årti. Da 90% af vores celler er bakterier, og det mikrobielle genom indeholder 200 gange flere gener end det humane genom, kan en undersøgelse af det humane mikrobiom have potentiale til at påvirke mange områder vedrørende vores helbred.

I dette PhD-forløb har vi genereret en stor mængde eksperimentelle data baseret på DNA og RNA af det humane tarm-mikrobiom. Dette blev gjort ved at lave en chip for mikrobiomet af det humane tarmsystem, som gør os i stand til at lave en profil af alle mulige humane mikrobiomer fra tarmsystemet. Analyse af vores resultater ændrer den måde, hvorved vi relaterer tarm-mikrobiomet med sygdomme.

Vore resultater viser, at en human sygdom vil påvirke det økologiske system af det humane tarm-mikrobiom og reducerer diversiteten af mikrofloraen. En undersøgelse af sunde og usunde individer viser, at usunde individer har lavere mangfoldighed i deres mikrobiom og en ufuldstændig funktionel kapacitet. Mangfoldighed er en vigtig parameter, som relaterer variansen af et mikrobiom med bestemte sygdomme.

Vore resultater viser, at sygdomme er forbundet til mikribiomet; ikke ved tilstedeværelsen af ‘dårlige’ bakterier, men især ved tabet af ‘gode’ bakterier. Endelig viser vi, at bakterielle tilpasninger kan forklare skift observeret i det menneskelige tarm mikrobiom.