Multiresistente stafylokokker modstår penicillin og andre kendte
former for antibiotika.Studier af bakteriens arvemateriale skal
finde nye måder at angribe den på.
En kur mod stafylokokker, vaccine mod miltbrand og mere effektiv
produktion af enzymer. Det er tre af perspektiverne i projektet
BaSysBio, som bl.a. arbejder med bakteriers arveanlæg.
”Multiresistente stafylokokker, der ikke lader sig påvirke af de
kendte former for antibiotika, er et voksende problem på sygehuse
verden over. Ved at studere bakteriens arvemateriale kan vi
pege på de ømme punkter. På den måde håber vi at finde helt
nye veje til at angribe bakterien,” siger lektor Hanne Jarmer,
Center for Biologisk Sekvensanalyse på DTU’s Institut for
Systembiologi. Hun leder centerets deltagelse i det
internationale projekt BaSysBio, der i alt har 16 akademiske
og industrielle partnere. Der er tale om grundforskning,
understreger Hanne Jarmer: ”Hvis vi ser en oplagt mulighed for
at udvikle antibiotika mod stafylokokker, så gør vi det, men det er
ikke vores primære mål. Idéen er, at vi skal beskrive tre udvalgte
bakterier som samlede biologiske systemer og derved facilitere,
at der kan udvikles konkrete produkter.”
Flagskibet i projektet er, at forskerne har gennemført en komplet
eksperimentel kortlægning af, hvor generne i Bacillus subtilis er
placeret. B. subtilis findes meget udbredt i jord og på planter.
Bakterien er helt uskadelig for mennesker. Derfor bruges den i
stor stil til bioteknologisk produktion og i forskningen. Lige som den
kendte E. coli fungerer som modelbakterie for den ene
hovedfamilie af bakterier, de Gram negative, er B. subtilis
modelbakterien i den anden familie, de Gram positive.
”Når man kender modelbakterien godt, er vejen til at undersøge
andre medlemmer af samme familie af bakterier betydeligt
kortere,”forklarer Hanne Jarmer og henviser til, at de to meget
skadelige bakterier, der også vil blive studeret i projektet, begge
er Gram positive. Det drejer sig om den mest problematiske af
alle stafylokokker Staphylococcus aureus og om den bakterie,
som forårsager miltbrand (Bacillus anthraxis).
”Desuden er B. subtilis interessant i sig selv, fordi den har stor
økonomisk betydning for biotekindustrien, hvor den eksempelvis
bruges til produktion af enzymer.”
Grafisk illustration af chip-resultater for et tilfældigt udvalgt område
af Bacillus subtilis’ genom. Den røde og den blå ring repræsenterer
hver sin side af DNA-strengen og viser, hvor meget generne
udtrykkes. Jo mørkere farve, jo højere udtryk. Imellem disse to
ringe er genernesplacering anført som tynde streger. Den grønne
ring viser, hvor meget DNA der kan måles i samme region.
Fortolkning: Resultatet viser som ventet, at det ikke er alle
generne, der er udtrykt under de valgte vækstbetingelser.
Der er desuden et par områder, hvor signalet fra DNA’et
(den grønne ring) er meget lavt, hvilket tyder på, at disse
områder enten er svære at måle, eller at der er en afvigelse
i sekvensen mellem den stamme, som er blevet benyttet
til forsøgene, og den sekvens, som chippen er blevet designet
ud fra (sekvensfejl).
Skrevet af Morten Andersen